L’Istituto Comprensivo nasce nell’anno 2000, con la sua collocazione presso i locali del PIME nella frazione di Massannunziata e il plesso di Via M. D’Azeglio ubicato nella zona più centrale del paese, nato originariamente con la costruzione di tre edifici, come edilizia cooperativa per civile abitazione, solo successivamente è stato destinato e adattato ad edilizia scolastica.
Nell’anno scolastico 2001-2002, a seguito della consegna del nuovo edificio scolastico, sito in via Del Sole, diviene la Sede centrale dell’odierno Istituto e soltanto nel 2003/2004 su delibera del Collegio dei Docenti, acquisisce il nome di “Federico II di Svevia”.
Nell’anno scolastico 2004-2005, la struttura centrale viene ampliata con la costruzione di due monoblocchi prefabbricati a piano unico, per un totale di 14 ambienti, dove trovano collocazione le aule di scuola secondaria di primo grado, gli uffici di Presidenza e della segreteria didattica ed amministrativa.
A partire dal 2008/2009, l’Istituto diventa ad indirizzo musicale a seguito dell’assegnazione di 4 corsi di strumento.
Da settembre 2023 sono stati avviati ulteriori lavori per l’ampliamento lato sud della sede centrale di via del Sole con la costruzione di un padiglione per la realizzazione di n. 7 aule didattiche con annessi spazi esterni qualificati.